Hace millones de años, el planeta Cybertron fue utilizado por los Quintessons como planeta fábrica de robots trabajadores. Comenzaron con criaturas mitad orgánicas y mitad máquina, hasta crear verdaderos robots. Había dos tipos de robots: militares y obreros que se identificaban por simbolos para cada grupo. Una computadora de nombre Vector Sigma era la que se encargaba de darle a cada robot su personalidad única.
Debido a la fuerte opresión de los Quintessons, los robots se rebelaron bajo el liderazgo de A-3 (el joven Alfa Trion), fue así como una vez libres comenzó la primera etapa dorada de Cybertron, caracterizada por la convivencia pacífica entre los robots, donde sólo existían como guerreros los "protectores", semejantes a Omega Supreme. La rebelión provocó el exilio de los quintessons
Pronto, los robots militares llamados Decepticons desarrollaron la habilidad de volar y de transformarse en máquinas de guerra, mientras que los obreros llamados Autobots se transformaban en vehiculos civiles. La creación de Megatron, el más poderoso de los decepticons, provoca la admiración de los transformers en general a su poder; por consiguiente, él mismo decide ser el líder de los los decepticons con la misión de dominar Cybertron, estallando la guerra.
Orion Pax trabajaba en un área de Cybertron rica en energón (energía), y objetivo energético de Megatron - quien controlara la engergía controlaría Cybertron -. Megatron comenzó a reclutar cada día más y más tropas con la ayuda de una unidad llamada Robo Smasher que reprogramaba a los Autobots, entre ellos los Constructicons, transformandolos en fieles Decepticons. Un día comenzó una batalla, por las reservas de energon, en la que Orion Pax y su novia Ariel terminaron sumamente heridos, tanto que tuvo que ser reconstruido por Alfa Trion, dandole el nombre de Optimus Prime y Ariel en Elita One; había nacido el autobot que le podría plantar cara a Megatron de igual a igual. Así Optimus Prime, líder de los autobots, en un intento desesperado, con sus tropas y los Aerialbots, que viajaron al pasado, deciden destruir las reservas antes de que queden en poder de Megatron.
Así la guerra continua por miles de años hasta que las reservas de energía de Cybertron se estan agotando. Los decepticos controlan la mayoría de Cybertron, por lo que Optimus Prime decide explorar nuevos planetas para encontrar nuevas reservas de energía. Junto con un grupo de autobots, aborda el Arca y despega de Cybertron, pero es seguido por Megatron en la nave insignia de los decepticons: el Némesis. En plena batalla pasan por una tormenta de asteroides y son atraídos por la gravedad de un joven planeta Tierra, un planeta primitivo sin habitantes inteligentes (aún). El Arca se estrellá en un volcán, y el Nemesis en un océano. Todos los tripulantes quedan desactivados.
Millones de años después hay una erupción volcánica, la raza humana ya ha poblado la Tierra, y la computadora de la nave Teletran-1 es reactivada, reactivando a los Transformers, y comenzando un capítulo mas de la Guerra de los Transformers, pero ahora aquí en la Tierra.
Tras el éxito de la serie principal, muchas más series fueron realizadas, hasta el punto en que se han llegado a realizar hasta 500 episodios, contando todos los de las diferentes series.
